Guía completa sobre la baja laboral por enfermedad para tu empresa

Publicado el
January 12, 2026
Guía completa sobre la baja laboral por enfermedad para tu empresa
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Una baja laboral por enfermedad es el derecho que tiene un trabajador a ausentarse de su puesto por un problema de salud, siempre con la justificación de un médico, mientras sigue cobrando una parte de su sueldo. Es un mecanismo legal que protege al empleado, dándole una red de seguridad económica, pero también a la empresa, porque establece un procedimiento claro para gestionar estas ausencias.

Qué es la baja laboral por enfermedad y por qué te afecta

Hombre enfermo recostado en el sofá, con teléfono y taza, representando baja laboral por enfermedad.

La baja laboral por enfermedad, que técnicamente se conoce como Incapacidad Temporal (IT), es mucho más que un simple permiso para no ir a trabajar. En realidad, es una situación administrativa que se pone en marcha cuando un empleado no puede hacer sus tareas habituales por una enfermedad común o un accidente que no ha ocurrido en el trabajo.

Para cualquier negocio, pero sobre todo en sectores tan dinámicos como la hostelería, el retail o los servicios, una baja imprevista es un auténtico reto operativo. No hablamos solo de un hueco en el cuadrante de turnos, sino de un efecto dominó que golpea de lleno la productividad, la moral del equipo y, por supuesto, los costes. La correcta gestión de personal y la planificación son clave.

El impacto real en tu negocio

Cuando un miembro clave de tu equipo no puede venir, las consecuencias se notan al instante. Imagina que el jefe de cocina de tu restaurante se pone enfermo un sábado por la noche, o que el responsable de abrir tu tienda no aparece un lunes por la mañana. El caos está servido. Este tipo de ausencias inesperadas crea problemas muy concretos:

  • Sobrecarga del equipo: Los compañeros tienen que asumir más tareas de las que les corresponden, lo que genera estrés y puede bajar la calidad del servicio que ofreces.
  • Costes adicionales: Quizá tengas que pagar horas extra a otros empleados para cubrir ese turno o, en el peor de los casos, perder ventas porque no das abasto para atender a los clientes.
  • Planificación hecha un lío: La gestión de turnos se convierte en un rompecabezas. Los mánagers y responsables de RRHH acaban dedicando un tiempo precioso a reorganizar horarios en lugar de centrarse en tareas que hacen crecer el negocio.
  • Errores administrativos: Si no gestionas bien los partes de baja o el cálculo de la nómina, te puedes meter en un lío legal y económico.

La gestión de una baja laboral no es solo un trámite burocrático, es una prueba de fuego para la capacidad de planificación y la resiliencia operativa de tu empresa.

Para hacerte una idea completa del alcance de estas ausencias, es crucial entender el ausentismo laboral y cómo gestionarlo, porque una baja es solo una de sus caras. Un aumento constante del absentismo no es una simple estadística; es una luz de alarma que puede indicar problemas más profundos en la gestión de recursos humanos.

En este sentido, es vital saber cuántos días de ausencia son manejables y cuándo deberías empezar a preocuparte. Para profundizar en este tema, puedes consultar nuestro artículo sobre cuántos días de baja laboral al año deberían preocupar a tu empresa. Esta guía te ayudará a convertir el reto de una baja en un proceso controlado y eficiente, protegiendo tanto la productividad de tu negocio como el buen ambiente laboral, sin caer en el laberinto burocrático.

Diferenciar entre contingencias comunes y profesionales

No todas las bajas laborales son iguales, y para quien gestiona personal en hostelería o retail, entender esta diferencia es clave para la salud financiera del negocio. La forma de tramitar una baja laboral por enfermedad cambia radicalmente según su origen. No es lo mismo si un camarero se resbala en la cocina que si coge una gripe en su día libre.

Aunque el resultado es el mismo —el empleado no puede trabajar—, la causa raíz determina si estamos ante una contingencia común o una profesional. Y ojo, que esta distinción no es un mero trámite administrativo: define quién paga la prestación, cuánto se cobra y desde qué día. Ignorarlo puede llevar a errores graves en las nóminas y a costes imprevistos que tu empresa no debería asumir.

Contingencias comunes: el día a día de las ausencias

Las contingencias comunes son, con diferencia, la causa más habitual de baja. Básicamente, se refieren a cualquier enfermedad o accidente que no tenga una relación directa con el trabajo. Piensa en el día a día de tu equipo: una gripe estacional, una migraña incapacitante o esa lesión jugando al fútbol el fin de semana.

Estos son los puntos que necesitas dominar sobre ellas:

  • Origen no laboral: La clave es que la enfermedad o el accidente ocurren en la esfera privada del trabajador.
  • Gestión inicial: Aquí el pago se reparte. Los primeros días suelen correr a cargo de la empresa (dependiendo del convenio), y después la responsabilidad pasa a la Seguridad Social o a la Mutua colaboradora.
  • Requisito de cotización: Para que un empleado tenga derecho a la prestación, por lo general necesita haber cotizado un mínimo de 180 días en los últimos 5 años. Esto es un filtro importante, sobre todo en sectores con alta rotación como el retail.
  • Cálculo de la prestación: El importe que recibe el trabajador va por tramos. No se cobra nada los 3 primeros días. Del día 4 al 20, se percibe el 60% de la base reguladora, y a partir del día 21, sube al 75%.

Clasificar correctamente una baja como contingencia común es el primer paso para evitar sobrecostes. Un error aquí implica que la empresa asuma pagos que no le corresponden, afectando directamente al presupuesto de tu departamento de RRHH.

Para profundizar en cómo se gestionan y qué implican para la nómina, te recomendamos leer nuestro artículo detallado sobre qué son las contingencias comunes.

Contingencias profesionales: accidentes y enfermedades del trabajo

En la otra cara de la moneda están las contingencias profesionales, que son aquellas que derivan directamente de la actividad laboral. Aquí hablamos de un accidente en el propio centro de trabajo (o in itinere, es decir, en el trayecto de ida o vuelta) o de una enfermedad causada por el desempeño de la profesión. Un cocinero que sufre un corte grave o un reponedor con una lesión de espalda por mover cargas pesadas son ejemplos de manual.

Las diferencias con las comunes son enormes y protegen mucho más al trabajador:

  • Origen laboral: La causa es un accidente de trabajo o una enfermedad profesional reconocida legalmente.
  • Gestión por la Mutua: Desde el primer día, es la Mutua colaboradora con la Seguridad Social quien se encarga de todo: gestión, seguimiento y pago de la prestación.
  • Sin requisitos de cotización: A diferencia de las comunes, aquí no se exige un periodo mínimo cotizado. Si un empleado se accidenta en su primer día de trabajo, está totalmente cubierto.
  • Cuantía de la prestación: La protección económica es mayor y más inmediata. El trabajador cobra el 75% de su base reguladora desde el día siguiente a la baja, sin periodos de espera sin cobrar.

Saber diferenciar estas dos categorías es fundamental para la gestión de personal. No solo define las obligaciones de pago de tu empresa, sino también los protocolos a seguir, la documentación a presentar y con quién tienes que hablar (Seguridad Social o Mutua). Un buen software de gestión, como Shyfter, te ayuda a registrar y clasificar cada baja correctamente, asegurando que aplicas el procedimiento adecuado desde el minuto uno.

El proceso para gestionar una baja laboral, paso a paso

Desde esa llamada a primera hora para avisar de que un empleado no puede venir, hasta su reincorporación, hay todo un protocolo que debes seguir. Gestionar una baja laboral por enfermedad no es un mero trámite administrativo, sino una hoja de ruta que, si la sigues bien, protege a tu empresa de sanciones y asegura que todo sea un proceso ordenado para ambas partes.

En sectores como el retail o la hostelería, con horarios complejos y mucha rotación, los fallos en esta gestión son tan comunes como costosos. Un parte que llega fuera de plazo, un documento que se pierde o un cálculo incorrecto en la nómina pueden convertirse en un problema legal y, sobre todo, en un caos organizativo importante para cualquier responsable de RRHH.

Fase 1: Notificación y entrega del parte de baja

Todo arranca cuando el trabajador comunica su ausencia. Lo primero es que te informe de que no va a poder ir a trabajar. La ley no dice cómo debe hacerlo (una llamada, un email...), así que es clave que tengas un protocolo interno claro para que todo el mundo sepa a quién y cómo avisar.

Acto seguido, el empleado tiene que ir al médico de cabecera. Si el doctor lo considera necesario, emitirá el parte de baja. A partir de la fecha de ese documento, el trabajador tiene tres días hábiles para hacértelo llegar. Es vital que tus mánagers o el equipo de RRHH tengan esta fecha en mente para reclamar el papel si se retrasa.

Fase 2: Comunicación al sistema RED

En cuanto recibes el parte de baja, la pelota está en tu tejado. Dispones de un plazo máximo de tres días hábiles, desde que te lo entregan, para comunicar la baja a la Seguridad Social a través del Sistema RED. Este paso es absolutamente obligatorio y no hay excusas para la demora.

No comunicar la baja en el Sistema RED a tiempo es uno de los errores más típicos y puede acarrear multas. La clave es ser ágil y tener un sistema de registro fiable para que no se te pasen las fechas.

El impacto del absentismo es un verdadero quebradero de cabeza para la planificación de recursos humanos. Hace poco, el absentismo laboral en España escaló hasta el 7 % de las horas pactadas. Esto se traduce en que, de media, 1.558.809 personas no fueron a trabajar cada día. De ellas, 1.224.778 estaban de baja médica, lo que golpea duramente a negocios con plantillas distribuidas, como franquicias de retail u hoteles, que se las ven y se las desean para cubrir los turnos.

Este diagrama te muestra las diferencias clave en el proceso según si la baja es por enfermedad común o por un accidente laboral.

Como ves, si el origen es profesional, el camino es más directo porque la Mutua entra en juego desde el primer momento. En cambio, si es por una contingencia común, el proceso implica a la empresa en el pago de los primeros días.

Fase 3: Gestión de los partes de confirmación

Una baja no es un evento de un solo día, sino un proceso que continúa. Según lo que el médico estime que va a durar la enfermedad, irá emitiendo partes de confirmación para certificar que el trabajador sigue sin poder reincorporarse. La frecuencia de estos partes cambia:

  • Bajas de muy corta duración (menos de 5 días): El médico puede dar el parte de baja y el de alta en la misma visita.
  • Bajas de corta duración (entre 5 y 30 días): El primer parte de confirmación llega a los 7 días de la baja, y los siguientes, cada 14 días.
  • Bajas de media duración (entre 31 y 60 días): El primero, a los 7 días, y los que le siguen, cada 28 días.
  • Bajas de larga duración (más de 61 días): El primero se emite a los 14 días, y los posteriores, cada 35 días.

El trabajador sigue teniendo tres días para entregarte cada uno de estos partes, y tú, otros tres para subirlos al Sistema RED. Un buen software puede ser tu mejor aliado para gestionar las ausencias y la indisponibilidad de los empleados, ya que automatiza los recordatorios y centraliza toda esta documentación.

Fase 4: El alta médica y la vuelta al trabajo

El proceso se cierra cuando el médico emite el parte de alta. Este documento confirma que la persona ya está en condiciones de volver a sus funciones. De hecho, el empleado tiene la obligación de reincorporarse al trabajo justo el día después de la fecha del alta.

Igual que con los otros partes, tiene 24 horas para entregarte el documento de alta. Y tú, por tu parte, mantienes el mismo plazo de tres días hábiles para comunicarlo al Sistema RED y dar por finalizado el proceso de incapacidad temporal. Si comunicas el alta tarde, te arriesgas a realizar pagos que no tocan y a tener líos administrativos con la Seguridad Social.

Cómo se calcula la prestación y su reflejo en la nómina

Calcular bien la nómina de un empleado de baja por enfermedad es uno de los mayores rompecabezas para cualquier equipo de recursos humanos. La cosa se complica todavía más en sectores con mucha rotación, como el retail o la hostelería. Un simple error no solo crea un problema con el trabajador, sino que te puede traer una bonita sanción de la Seguridad Social.

Para que no quede ni una sola duda, vamos a desmenuzar el proceso paso a paso. La pieza clave de todo este puzle es un concepto que tienes que dominar: la base reguladora. Piénsalo como si fuera el "salario de referencia" que usaremos para saber exactamente cuánto va a cobrar el empleado mientras no pueda trabajar.

Entendiendo la base reguladora

Ojo, la base reguladora no es el salario neto que el empleado ve en su cuenta del banco. Se calcula a partir de la base de cotización por contingencias comunes del mes justo anterior a la baja. Si tienes un trabajador con salario mensual, el cálculo es bastante directo: solo tienes que dividir su base de cotización de ese mes entre 30.

Por ejemplo, imagina a un recepcionista de hotel que tuvo una base de cotización de 1.800 € el mes antes de caer enfermo. Su base reguladora diaria sería:

1.800 € / 30 días = 60 € al día

Este importe, 60 €, es la cifra mágica sobre la que aplicaremos los porcentajes que vamos a ver ahora.

El cálculo correcto de la base reguladora es el cimiento para construir una nómina sin errores durante una incapacidad temporal. Es un paso que no te puedes tomar a la ligera, porque un fallo aquí arrastra a todo lo que viene después.

Porcentajes y quién paga qué

Una vez que tienes clara la base reguladora, lo siguiente es aplicar los porcentajes. Estos cambian según el motivo de la baja (si es por algo común o por un tema profesional) y, por supuesto, de cuánto dure.

Si la baja es por enfermedad común o accidente no laboral:

  • Días 1 a 3: Aquí el trabajador no cobra nada. La única excepción es que el convenio colectivo de tu sector (por ejemplo, el de hostelería de tu provincia) diga lo contrario y obligue a la empresa a pagar un complemento.
  • Días 4 a 15: El trabajador pasa a cobrar el 60% de su base reguladora. Este pago sale íntegramente del bolsillo de la empresa.
  • Días 16 a 20: La prestación se mantiene en el 60%, pero ahora la responsabilidad del pago pasa a la Seguridad Social o a la Mutua. Eso sí, lo normal es que la empresa lo adelante en la nómina (lo que se conoce como pago delegado).
  • A partir del día 21: La cosa mejora para el trabajador. La prestación sube al 75% de la base reguladora, y el pago sigue siendo cosa de la Seguridad Social o la Mutua.

Si la baja es por accidente laboral o enfermedad profesional:

  • El trabajador cobra el 75% de su base reguladora desde el día siguiente al de la baja.
  • Aquí el pago lo asume la Mutua desde el primer momento, y la empresa solo actúa como intermediaria a través del sistema de pago delegado.

El papel del convenio colectivo, ese gran olvidado

Es importantísimo que no te quedes solo con lo que marca la ley general. Muchos convenios colectivos, sobre todo en sectores de servicios como el comercio o la hostelería, establecen mejoras sobre estas condiciones. No es raro que obliguen a la empresa a complementar el subsidio hasta que el trabajador cobre el 100% de su salario desde el primer día.

Ignorar lo que dice tu convenio es un error de manual que puede acabar en reclamaciones y en un ambiente de trabajo bastante tenso. Antes de tocar cualquier nómina con baja, revisa siempre qué dice el tuyo. Una buena planificación, y apoyarte en herramientas como Shyfter, te permite tener estas reglas ya configuradas para que no se te escape nada.

El aumento del absentismo es una realidad que está presionando mucho a los departamentos de RRHH en España. De hecho, la OCDE alertó hace poco de que en nuestro país se perdía el 7% de las horas pactadas, un fenómeno que ha crecido por el aumento de bajas de salud mental y problemas musculoesqueléticos. Puedes leer más sobre el impacto del absentismo en España y ver cómo está afectando a sectores clave.

Un ejemplo práctico en el sector retail

Vamos a un caso que te podrías encontrar mañana mismo. Ana, dependienta en una tienda de ropa a tiempo parcial, tiene una base reguladora de 40 € al día. Coge una gripe fuerte y está de baja 10 días. Su convenio no mejora lo que dice la ley.

  • Días 1, 2 y 3: No cobra nada.
  • Días 4 a 10 (un total de 7 días): Cobra el 60% de su base reguladora.
  • El cálculo sería: 7 días x (40 €/día x 60%) = 7 x 24 € = 168 €.

Estos 168 € los pagará la empresa y tendrán que aparecer bien reflejados en su nómina, diferenciando claramente qué parte es salario de los días que sí trabajó y qué parte es la prestación por la baja.

Cómo la tecnología simplifica la gestión de ausencias y turnos

Dos pantallas de smartphone mostrando la gestión de baja laboral y turnos actualizados en un calendario.

Imagina la escena: es primera hora de la mañana y tu empleado clave de la tienda te avisa de que necesita una baja laboral por enfermedad justo antes de su turno de apertura. De repente, todo es caos. Empieza una carrera contrarreloj de llamadas, mensajes y cambios de última hora en una hoja de Excel que nadie entiende del todo. Pues bien, este escenario tan estresante y reactivo para la gestión de RRHH tiene los días contados.

La gestión manual de las ausencias es un verdadero lastre, sobre todo en sectores tan dinámicos como el retail o la hostelería. Cada minuto que un mánager dedica a buscar un sustituto es un minuto menos para atender a los clientes, formar al equipo o supervisar la operación. Y los errores humanos, como asignar un turno a alguien sin la cualificación necesaria o equivocarse al registrar las horas, son prácticamente inevitables.

Digitalización del proceso de baja

Ahora, piensa en una alternativa mucho más fluida. Tu empleado se encuentra mal, va al médico y, desde su propio móvil, sube una foto del parte de baja directamente a una aplicación de gestión de personal. En ese mismo instante, tú o el responsable del equipo recibís una notificación automática. Se acabaron los partes perdidos en una bandeja de entrada o las fotos de WhatsApp que nunca se archivan como es debido.

Esta forma de centralizar la información no solo pone orden, sino que también desencadena una serie de acciones inteligentes. El sistema registra la ausencia y la clasifica, dejando toda la información lista para comunicarla después al Sistema RED sin tener que rebuscar datos por todas partes.

  • Comunicación instantánea: El empleado notifica su baja a través de un canal oficial y centralizado.
  • Documentación segura: Los partes médicos se guardan en formato digital, vinculados al perfil del trabajador, lo que garantiza la protección de sus datos y un acceso rápido cuando se necesita.
  • Menos carga administrativa: Te olvidas del papeleo y reduces al mínimo el riesgo de perder documentos que son cruciales para la nómina y el cumplimiento de las obligaciones legales.

La tecnología transforma la gestión de bajas de un proceso manual y lleno de errores a un flujo de trabajo automatizado y transparente, liberando un tiempo muy valioso para los responsables de equipo y la planificación de RRHH.

Replanificación de turnos en tiempo real

Pero la verdadera magia ocurre en la planificación de horarios. Cuando el sistema registra la baja laboral por enfermedad, el cuadrante de turnos se actualiza al momento, marcando el hueco que ha quedado libre. Ya no tienes que ponerte a revisar a mano quién está disponible o quién tiene las habilidades para cubrir ese puesto.

El software hace el trabajo pesado por ti. Con solo un par de clics, puedes:

  • Ver empleados disponibles: La plataforma te muestra una lista filtrada de compañeros que no tienen turno asignado y que cumplen con los requisitos para esa posición.
  • Ofrecer el turno vacante: Puedes enviar una notificación masiva a los candidatos idóneos, que pueden aceptar o rechazar la oferta desde su propia app. El primero que acepta se queda con el turno. Así de fácil.
  • Garantizar la cobertura: El cuadrante se actualiza otra vez en tiempo real, confirmando que el servicio no se va a ver afectado y comunicando el cambio a todo el equipo implicado.

Este enfoque no solo te ahorra un tiempo considerable, sino que también es más justo y transparente para los empleados. Además, te da una visión muy clara del impacto real que tiene el absentismo en tus operaciones.

El coste del absentismo no es ninguna broma. Se estima que las bajas por enfermedades y accidentes no laborales tuvieron un coste total de 133.448,67 millones de euros para la economía española. Para más detalles, puedes consultar este análisis sobre el absentismo laboral.

Con herramientas como Shyfter, puedes analizar datos históricos de ausencias para detectar patrones, prever necesidades de personal y optimizar tus planificaciones a largo plazo. Por ejemplo, nuestra app de control horario para trabajadores no solo gestiona los fichajes, sino que se integra con la planificación para darte una visión completa de la disponibilidad y el cumplimiento de los horarios. Dejar atrás el Excel no es una opción, es una necesidad para mantener la competitividad y la eficiencia.

Preguntas frecuentes sobre la baja laboral por enfermedad

Incluso con los procesos más claros, la gestión de una baja laboral por enfermedad siempre despierta preguntas. En el día a día de sectores como el retail o la hostelería, donde cada situación es un mundo, surgen dudas que necesitan una respuesta rápida y, sobre todo, segura. Vamos a resolver las más habituales para que puedas actuar con confianza y siempre dentro del marco legal.

¿Puede un trabajador irse de vacaciones estando de baja médica?

La respuesta corta es: en principio, no. El objetivo de una baja es que el empleado se recupere para poder volver al trabajo. Un viaje de placer podría interpretarse como una actividad incompatible con esa recuperación, llegando a ser motivo de sanción o incluso de un despido disciplinario.

Ahora bien, hay matices. La única excepción sería que el médico autorice expresamente ese viaje porque considera que no perjudica, o que incluso beneficia, a la recuperación del paciente. Si como empresa tienes sospechas fundadas de que se trata de un fraude, puedes solicitar una revisión a los servicios médicos competentes.

¿Qué ocurre si un empleado se pone enfermo durante sus vacaciones?

En este caso, la ley es clara: las vacaciones se pausan en el momento en que se emite el parte de baja. El empleado debe ir al médico, obtener su parte de baja laboral por enfermedad y comunicártelo exactamente igual que si estuviera trabajando. Esos días de vacaciones no se pierden.

El trabajador tendrá derecho a disfrutar de esos días interrumpidos más adelante, una vez reciba el alta médica. Podrá recuperarlos incluso si el año natural ya ha terminado, siempre dentro de los límites que marca la ley.

¿Se puede despedir a un trabajador mientras está de baja?

Sí, es posible, pero es un terreno delicado. Lo que es completamente ilegal es despedir a alguien por el simple hecho de estar enfermo, ya que se consideraría un despido nulo por discriminación.

Un despido será legal si se fundamenta en causas objetivas o disciplinarias que no tengan ninguna relación con la enfermedad. Por ejemplo, si la empresa atraviesa una reestructuración económica o si el empleado cometió una falta grave justo antes de coger la baja. La clave está en que la empresa pueda demostrar de forma sólida que el motivo del despido es totalmente ajeno a su estado de salud.

¿Cuánto tiempo puede durar una baja por incapacidad temporal?

La duración máxima estándar de una baja por incapacidad temporal (IT) es de 365 días. Si después de este año el trabajador todavía no está recuperado, el Instituto Nacional de la Seguridad Social (INSS) puede prorrogar la baja por otros 180 días más, pero solo si existen expectativas reales de curación.

Una vez superado el plazo total de 545 días (18 meses), la situación pasa a ser evaluada por un tribunal médico. Este equipo será quien determine si el trabajador debe recibir el alta o si, por el contrario, su estado debe derivar en una incapacidad permanente.


Gestionar las ausencias, los turnos y toda la documentación de una baja laboral por enfermedad sin cometer errores es un desafío constante. Con Shyfter, puedes automatizar la notificación de ausencias, actualizar los horarios en tiempo real y encontrar sustitutos cualificados con un solo clic. Deja atrás el caos de las hojas de cálculo y asegura la continuidad de tu negocio con una planificación inteligente. Descubre cómo podemos ayudarte en https://shyfter.co/es-es.

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